# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Oah04823.fasta.nr -Q ah04823.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ah04823, 1211 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2355815254 residues in 6825066 sequences statistics sampled from 60000 to 6823365 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8785+/-0.000186; mu= 15.7000+/- 0.010 mean_var=75.2294+/-14.660, 0's: 37 Z-trim: 48 B-trim: 2786 in 1/66 Lambda= 0.147870 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6825066) gi|62087448|dbj|BAD92171.1| plexin C1 variant [Hom (1211) 8021 1721.7 0 gi|74705745|sp|O60486|PLXC1_HUMAN Plexin-C1 precur (1568) 8017 1721.0 0 gi|114646264|ref|XP_509270.2| PREDICTED: plexin C1 (1568) 8001 1717.5 0 gi|109098226|ref|XP_001105619.1| PREDICTED: simila (1568) 7944 1705.4 0 gi|81869528|sp|Q9QZC2|PLXC1_MOUSE Plexin-C1 precur (1574) 7331 1574.6 0 gi|194226661|ref|XP_001495583.2| PREDICTED: simila (1542) 7311 1570.3 0 gi|148689643|gb|EDL21590.1| plexin C1 [Mus musculu (1569) 7264 1560.3 0 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gi|51243714|gb|AAT99561.1| plexin D1 [Mus musculus (1925) 1579 347.6 3.6e-92 gi|74184721|dbj|BAE27964.1| unnamed protein produc (1925) 1579 347.6 3.6e-92 gi|149049679|gb|EDM02133.1| plexin D1 (predicted) (1716) 1577 347.1 4.5e-92 gi|126336443|ref|XP_001376367.1| PREDICTED: simila (1958) 1577 347.2 4.9e-92 gi|13097621|gb|AAH03526.1|AAH03526 Unknown (protei ( 540) 1566 344.3 9.9e-92 gi|114589198|ref|XP_001144444.1| PREDICTED: plexin (1056) 1567 344.8 1.4e-91 gi|109098057|ref|XP_001092383.1| PREDICTED: simila (1518) 1567 345.0 1.8e-91 gi|119599646|gb|EAW79240.1| plexin D1, isoform CRA (1747) 1567 345.0 2e-91 gi|157694524|ref|NP_055918.2| plexin D1 [Homo sapi (1925) 1567 345.1 2.1e-91 gi|51701868|sp|Q9Y4D7|PLXD1_HUMAN Plexin-D1 precur (1925) 1567 345.1 2.1e-91 gi|119599645|gb|EAW79239.1| plexin D1, isoform CRA (1842) 1566 344.8 2.4e-91 gi|73984975|ref|XP_533732.2| PREDICTED: similar to (1926) 1560 343.6 6e-91 gi|194041358|ref|XP_001926952.1| PREDICTED: plexin (1515) 1557 342.8 7.9e-91 gi|119599756|gb|EAW79350.1| plexin A1, isoform CRA (1710) 1433 316.4 7.9e-83 gi|118082507|ref|XP_416143.2| PREDICTED: similar t ( 838) 1150 255.8 7.1e-65 gi|83318357|gb|AAI08846.1| LOC494999 protein [Xeno ( 583) 1134 252.2 5.8e-64 gi|194227009|ref|XP_001914939.1| PREDICTED: simila (1720) 1135 252.9 1.1e-63 gi|149017545|gb|EDL76549.1| plexin B2 [Rattus norv (1841) 1134 252.7 1.3e-63 gi|148672420|gb|EDL04367.1| mCG140951 [Mus musculu (1842) 1134 252.7 1.3e-63 gi|73968843|ref|XP_531689.2| PREDICTED: similar to (1868) 1133 252.5 1.6e-63 gi|118082199|ref|XP_423623.2| PREDICTED: hypotheti (1854) 1129 251.6 2.8e-63 gi|76879878|dbj|BAE45757.1| putative protein produ ( 905) 1125 250.5 3e-63 gi|119593933|gb|EAW73527.1| hCG1988148 [Homo sapie (1126) 1126 250.8 3e-63 gi|150036897|emb|CAO03500.1| plexin B2 [Homo sapie (1266) 1126 250.8 3.3e-63 gi|109094648|ref|XP_001116282.1| PREDICTED: plexin (1822) 1126 251.0 4.3e-63 gi|126302585|sp|O15031|PLXB2_HUMAN Plexin-B2 precu (1838) 1126 251.0 4.3e-63 gi|74184763|dbj|BAE27981.1| unnamed protein produc (1842) 1125 250.7 5e-63 gi|55728934|emb|CAH91205.1| hypothetical protein [ (1839) 1121 249.9 9.1e-63 gi|56207849|emb|CAI21091.1| novel protein similar ( 917) 1117 248.8 9.9e-63 gi|125814522|ref|XP_689930.2| PREDICTED: si:dkey-2 (1868) 1117 249.0 1.7e-62 >>gi|62087448|dbj|BAD92171.1| plexin C1 variant [Homo sa (1211 aa) initn: 8021 init1: 8021 opt: 8021 Z-score: 9239.7 bits: 1721.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 8021; 100.000% identity (100.000% similar) in 1211 aa overlap (1-1211:1-1211) 10 20 30 40 50 60 ah0482 DQPERVQPIASSTLIHSDLTSVYGTVVMNRTVLFLGTGDGQLLKVILGENLTSNCPEVIY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|620 DQPERVQPIASSTLIHSDLTSVYGTVVMNRTVLFLGTGDGQLLKVILGENLTSNCPEVIY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 ah0482 EIKEETPVFYKLVPDPVKNIYIYLTAGKEVRRIRVANCNKHKSCSECLTATDPHCGWCHS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|620 EIKEETPVFYKLVPDPVKNIYIYLTAGKEVRRIRVANCNKHKSCSECLTATDPHCGWCHS 70 80 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