# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Oef06338.fasta.nr -Q ef06338.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ef06338, 2059 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2355815254 residues in 6825066 sequences statistics sampled from 60000 to 6808610 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0649+/-0.000213; mu= 13.5394+/- 0.012 mean_var=140.4919+/-26.305, 0's: 37 Z-trim: 97 B-trim: 23 in 2/65 Lambda= 0.108205 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6825066) gi|114152771|sp|O00468|AGRN_HUMAN Agrin precursor (2045) 14597 2292.2 0 gi|2988422|gb|AAC39776.1| agrin precursor [Homo sa (2026) 14457 2270.3 0 gi|119924945|ref|XP_604151.3| PREDICTED: similar t (2178) 12527 1969.1 0 gi|73956462|ref|XP_536713.2| PREDICTED: similar to (1943) 11574 1820.3 0 gi|149024867|gb|EDL81364.1| agrin [Rattus norvegic (1936) 11255 1770.5 0 gi|202800|gb|AAA40703.1| agrin gi|28461145|ref (1940) 11235 1767.3 0 gi|202799|gb|AAA40702.1| agrin (1937) 11193 1760.8 0 gi|73956460|ref|XP_855650.1| PREDICTED: similar to (1962) 10591 1666.8 0 gi|399021|sp|P25304|AGRN_RAT Agrin precursor (1959) 10264 1615.8 0 gi|119576697|gb|EAW56293.1| agrin [Homo sapiens] ( 963) 6582 1040.6 0 gi|148683134|gb|EDL15081.1| agrin [Mus musculus] (2007) 6445 1019.6 0 gi|37747556|gb|AAH59259.1| Agrn protein [Mus muscu (1194) 5652 895.6 0 gi|122890471|emb|CAM14889.1| agrin [Mus musculus] (1927) 5586 885.5 0 gi|122890472|emb|CAM14890.1| agrin [Mus musculus] (1950) 5586 885.5 0 gi|122890470|emb|CAM14888.1| agrin [Mus musculus] (1151) 5550 879.6 0 gi|42490751|ref|NP_067617.2| agrin [Mus musculus] (1866) 5532 877.0 0 gi|187956249|gb|AAI50704.1| Agrin [Mus musculus] (1866) 5522 875.5 0 gi|114152770|sp|P31696|AGRN_CHICK Agrin precursor (2073) 5261 834.8 0 gi|189397234|gb|ACD93413.1| NtA agrin [Danio rerio (2028) 5254 833.7 0 gi|189536001|ref|XP_001920257.1| PREDICTED: hm:gc1 (2043) 5236 830.9 0 gi|54261508|gb|AAH84578.1| AGRN protein [Homo sapi ( 719) 5199 824.6 0 gi|211121|gb|AAA48585.1| agrin gi|45382977|ref (1955) 4682 744.4 2.3e-211 gi|108995506|ref|XP_001088755.1| PREDICTED: simila (1817) 4636 737.2 3.2e-209 gi|189397232|gb|ACD93412.1| transmembrane agrin [D (1928) 4540 722.2 1.1e-204 gi|59860161|gb|AAX09643.1| mini-agrin [Mus musculu ( 961) 4149 660.8 1.6e-186 gi|2494281|sp|Q90404|AGRN_DISOM Agrin gi|21310 (1328) 3976 634.0 2.7e-178 gi|211123|gb|AAA48586.1| agrin-related protein 1 ( 816) 3430 548.5 8.8e-153 gi|14043307|gb|AAH07649.1| AGRN protein [Homo sapi ( 488) 3383 540.9 1e-150 gi|114550536|ref|XP_520844.2| PREDICTED: agrin [Pa (1301) 3215 515.2 1.5e-142 gi|149520295|ref|XP_001513262.1| PREDICTED: simila ( 657) 3188 510.6 1.8e-141 gi|193785604|dbj|BAG51039.1| unnamed protein produ ( 413) 2907 466.5 2.1e-128 gi|20810012|gb|AAH28992.1| Agrn protein [Mus muscu ( 350) 2040 331.1 1.1e-87 gi|47222749|emb|CAG01716.1| unnamed protein produc ( 960) 1679 275.2 1.9e-70 gi|47222748|emb|CAG01715.1| unnamed protein produc (1109) 1580 259.9 9.3e-66 gi|28175533|gb|AAH43318.1| Agrn protein [Mus muscu ( 263) 1537 252.4 3.8e-64 gi|13278423|gb|AAH04020.1| Agrn protein [Mus muscu ( 263) 1534 252.0 5.3e-64 gi|194235545|ref|XP_001917463.1| PREDICTED: simila ( 321) 1527 251.0 1.3e-63 gi|62825883|gb|AAH94010.1| Agrn protein [Mus muscu ( 257) 1495 245.9 3.5e-62 gi|1947082|gb|AAB52918.1| agrin [Mus musculus] ( 191) 1239 205.7 3.1e-50 gi|55962183|emb|CAI15576.1| agrin [Homo sapiens] ( 270) 1224 203.6 2e-49 gi|21706410|gb|AAH34009.1| AGRN protein [Homo sapi ( 181) 1204 200.3 1.3e-48 gi|66521744|ref|XP_391941.2| PREDICTED: similar to (2397) 1192 199.7 2.6e-47 gi|14625026|gb|AAK71351.1| agrin [Mus musculus] ( 189) 1116 186.5 1.9e-44 gi|39793904|gb|AAH64021.1| Agrn protein [Mus muscu ( 253) 1112 186.1 3.5e-44 gi|1098912|gb|AAC59740.1| agrin gi|1586683|prf ( 221) 1111 185.8 3.5e-44 gi|115687275|ref|XP_791472.2| PREDICTED: similar t (1397) 1107 186.1 1.8e-43 gi|1947080|gb|AAB52917.1| agrin [Homo sapiens] ( 153) 1060 177.7 6.9e-42 gi|187030486|emb|CAP30350.1| C. briggsae CBR-AGR-1 (1469) 1055 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 TRRPPTTAPSRVPGRRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVC 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1390 1400 1410 1420 1430 1440 ef0633 EKVLGAPVPAFEGRSFLAFPTLRAYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNARGKDFLALALL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 EKVLGAPVPAFEGRSFLAFPTLRAYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNARGKDFLALALL 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1450 1460 1470 1480 1490 1500 ef0633 DGRVQLRFDTGSGPAVLTSAVPVEPGQWHRLELSRHWRRGTLSVDGETPVLGESPSGTDG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 DGRVQLRFDTGSGPAVLTSAVPVEPGQWHRLELSRHWRRGTLSVDGETPVLGESPSGTDG 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1510 1520 1530 1540 1550 1560 ef0633 LNLDTDLFVGGVPEDQAAVALERTFVGAGLRGCIRLLDVNNQRLELGIGPGAATRGSGVG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 LNLDTDLFVGGVPEDQAAVALERTFVGAGLRGCIRLLDVNNQRLELGIGPGAATRGSGVG 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1570 1580 1590 1600 1610 1620 ef0633 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