# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Oeh00729.fasta.nr -Q eh00729.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 eh00729, 1330 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2355815254 residues in 6825066 sequences statistics sampled from 60000 to 6797750 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1793+/-0.00022; mu= 7.1856+/- 0.012 mean_var=190.3168+/-36.567, 0's: 26 Z-trim: 113 B-trim: 360 in 1/65 Lambda= 0.092968 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6825066) gi|114609900|ref|XP_527544.2| PREDICTED: RNA-bindi (1370) 8914 1209.3 0 gi|168273166|dbj|BAG10422.1| RNA binding motif pro (1271) 8664 1175.7 0 gi|30580495|sp|Q9UPN6.1|RBM16_HUMAN Putative RNA-b (1271) 8658 1174.9 0 gi|47123322|gb|AAH70071.1| RBM16 protein [Homo sap (1271) 8648 1173.6 0 gi|73946160|ref|XP_533458.2| PREDICTED: similar to (1277) 8321 1129.7 0 gi|1438530|gb|AAC52656.1| rA8 gi|20806133|ref| (1268) 8008 1087.7 0 gi|49523355|gb|AAH75621.1| Rbm16 protein [Mus musc (1268) 8008 1087.7 0 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gi|74222731|dbj|BAE42232.1| unnamed protein produc ( 705) 3797 522.7 2.9e-145 gi|189531325|ref|XP_701075.3| PREDICTED: wu:fc50c0 (1248) 3388 468.1 1.4e-128 gi|47219523|emb|CAG09877.1| unnamed protein produc (1195) 3105 430.1 3.6e-117 gi|116283836|gb|AAH32728.1| RBM16 protein [Homo sa ( 461) 2971 411.7 5e-112 gi|149634771|ref|XP_001511249.1| PREDICTED: hypoth ( 532) 2866 397.7 9.5e-108 gi|10435925|dbj|BAB14705.1| unnamed protein produc ( 354) 2593 360.8 7.6e-97 gi|12805643|gb|AAH02302.1| Rbm16 protein [Mus musc ( 346) 2324 324.8 5.4e-86 gi|126325437|ref|XP_001376116.1| PREDICTED: simila (1506) 2256 316.3 8.1e-83 gi|165970536|gb|AAI58405.1| Unknown (protein for I ( 390) 2065 290.1 1.7e-75 gi|74192157|dbj|BAE34282.1| unnamed protein produc ( 279) 1774 250.9 7.6e-64 gi|62088928|dbj|BAD92911.1| T-cell lymphoma invasi (1947) 1703 242.3 2e-60 gi|157016968|gb|EAA09643.4| AGAP003369-PA [Anophel (1312) 1432 205.8 1.4e-49 gi|108881522|gb|EAT45747.1| conserved hypothetical (1337) 1385 199.5 1.1e-47 gi|119874956|ref|XP_614113.3| PREDICTED: similar t (1143) 1354 195.2 1.8e-46 gi|194226196|ref|XP_001498774.2| PREDICTED: splici (1149) 1350 194.7 2.6e-46 gi|112180475|gb|AAH43353.1| Splicing factor, argin (1146) 1326 191.5 2.4e-45 gi|59803073|sp|O95104|SFR15_HUMAN Splicing factor, (1147) 1325 191.3 2.6e-45 gi|109065523|ref|XP_001097324.1| PREDICTED: simila (1153) 1308 189.1 1.3e-44 gi|60098513|emb|CAH65087.1| hypothetical protein [ (1092) 1293 187.0 5e-44 gi|34784233|gb|AAH57592.1| Splicing factor, argini (1209) 1292 186.9 5.8e-44 gi|47227091|emb|CAG00453.1| unnamed protein produc (1022) 1279 185.1 1.7e-43 gi|119630292|gb|EAX09887.1| splicing factor, argin (1071) 1273 184.3 3.1e-43 gi|52545884|emb|CAD38974.2| hypothetical protein [ (1125) 1273 184.4 3.2e-43 gi|149742169|ref|XP_001498819.1| PREDICTED: simila (1095) 1271 184.1 3.8e-43 gi|4102967|gb|AAD09327.1| pre-mRNA splicing SR pro (1157) 1264 183.2 7.6e-43 gi|109065525|ref|XP_001097429.1| PREDICTED: simila (1131) 1262 182.9 9.1e-43 gi|189524301|ref|XP_695887.3| PREDICTED: wu:fa96d0 (1070) 1259 182.5 1.2e-42 gi|31418605|gb|AAH53096.1| Sfrs15 protein [Mus mus (1183) 1250 181.3 2.9e-42 gi|148665971|gb|EDK98387.1| mCG129573, isoform CRA (1200) 1250 181.3 2.9e-42 gi|6685965|sp|Q63627|SFR15_RAT Splicing factor, ar (1048) 1246 180.7 3.8e-42 >>gi|114609900|ref|XP_527544.2| PREDICTED: RNA-binding m (1370 aa) initn: 8914 init1: 8914 opt: 8914 Z-score: 6468.7 bits: 1209.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 8914; 99.468% identity (99.848% similar) in 1315 aa overlap (16-1330:56-1370) 10 20 30 40 eh0072 GSPSPPARALPLRPEVAAARSPASAPSSRPRSSPRLALPTQCSGR : :::. .:::::::::::::::::::::: gi|114 ELRGPTRVRHIGCRSRCCQRFLLCLRRAGLVPAARAAGSAPSSRPRSSPRLALPTQCSGR 30 40 50 60 70 80 50 60 70 80 90 100 eh0072 RLFRRRARGLRSDNMEAVKTFNSELYSLNDYKPPISKAKMTQITKAAIKAIKFYKHVVQS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 RLFRRRARGLRSDNMEAVKTFNSELYSLNDYKPPISKAKMTQITKAAIKAIKFYKHVVQS 90 100 110 120 130 140 110 120 130 140 150 160 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