# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Off02151.fasta.nr -Q ff02151.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ff02151, 1351 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2355815254 residues in 6825066 sequences statistics sampled from 60000 to 6820810 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9075+/-0.000185; mu= 16.3529+/- 0.010 mean_var=72.0103+/-14.015, 0's: 32 Z-trim: 59 B-trim: 28 in 2/65 Lambda= 0.151139 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6825066) gi|168278090|dbj|BAG11023.1| contactin associated (1307) 8890 1948.8 0 gi|74716461|sp|Q8WYK1.1|CNTP5_HUMAN Contactin-asso (1306) 8873 1945.1 0 gi|109104502|ref|XP_001086018.1| PREDICTED: simila (1306) 8765 1921.5 0 gi|114580674|ref|XP_515771.2| PREDICTED: contactin (1310) 8448 1852.4 0 gi|194222131|ref|XP_001489255.2| PREDICTED: contac (1306) 8420 1846.3 0 gi|122142380|sp|Q0V8T0.1|CNTP5_CANFA Contactin-ass (1305) 8342 1829.3 0 gi|123792664|sp|Q0V8T9.1|CTP5A_MOUSE Contactin ass (1304) 7733 1696.5 0 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(1310) 5289 1163.6 0 gi|17433034|sp|Q99P47|CNTP4_MOUSE Contactin-associ (1310) 5285 1162.7 0 gi|189535066|ref|XP_700622.3| PREDICTED: similar t (1362) 5275 1160.6 0 gi|149038245|gb|EDL92605.1| contactin associated p (1310) 5228 1150.3 0 gi|169158112|emb|CAQ13340.1| novel protein similar (1278) 5179 1139.6 0 gi|189523473|ref|XP_697644.3| PREDICTED: similar t (1458) 5106 1123.7 0 gi|114663738|ref|XP_001143419.1| PREDICTED: cell r (1235) 4925 1084.2 0 gi|21263499|sp|Q9BZ76|CNTP3_HUMAN Contactin-associ (1288) 4813 1059.8 0 gi|148679586|gb|EDL11533.1| contactin associated p (1171) 4808 1058.7 0 gi|55662606|emb|CAH70488.1| contactin associated p (1288) 4805 1058.1 0 gi|190358858|sp|Q96NU0.2|CNT3B_HUMAN Contactin-ass (1288) 4775 1051.5 0 gi|114628597|ref|XP_001142532.1| PREDICTED: cell r (1288) 4766 1049.6 0 gi|189525360|ref|XP_001338473.2| PREDICTED: simila (1274) 4761 1048.5 0 gi|47221956|emb|CAG08211.1| unnamed protein produc (1393) 4686 1032.1 0 gi|109505357|ref|XP_001064593.1| PREDICTED: simila (1289) 4675 1029.7 0 gi|124487467|ref|NP_001074598.1| contactin associa (1287) 4657 1025.8 0 >>gi|168278090|dbj|BAG11023.1| contactin associated prot (1307 aa) initn: 8890 init1: 8890 opt: 8890 Z-score: 10465.4 bits: 1948.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 8890; 100.000% identity (100.000% similar) in 1307 aa overlap (45-1351:1-1307) 20 30 40 50 60 70 ff0215 LCRGERQREEAAAGYCEFGIRLGGTAHSGEMDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNC :::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNC 10 20 30 80 90 100 110 120 130 ff0215 DDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSPAQLNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 DDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSPAQLNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITA 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 ff0215 VATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNWKQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 VATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNWKQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRAR 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 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99.923% identity (99.923% similar) in 1307 aa overlap (45-1351:1-1306) 20 30 40 50 60 70 ff0215 LCRGERQREEAAAGYCEFGIRLGGTAHSGEMDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNC :::::::::::::::::::::::::::::: gi|747 MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNC 10 20 30 80 90 100 110 120 130 ff0215 DDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSPAQLNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|747 DDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSPAQLNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITA 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 ff0215 VATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNWKQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|747 VATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNWKQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRAR 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 ff0215 FVRFVPLEWNPSGKIGMRVEVYGCSYKSDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|747 FVRFVPLEWNPSGKIGMRVEVYGCSYKSDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFK 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 300 310 ff0215 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