# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Ofh25089.fasta.nr -Q fh25089.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 fh25089, 1615 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2355815254 residues in 6825066 sequences statistics sampled from 60000 to 6823762 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4896+/-0.000186; mu= 13.2830+/- 0.010 mean_var=81.2681+/-15.927, 0's: 34 Z-trim: 37 B-trim: 34 in 1/65 Lambda= 0.142270 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6825066) gi|62087272|dbj|BAD92083.1| Apolipoprotein B varia (1615) 10385 2142.6 0 gi|105990532|ref|NP_000375.2| apolipoprotein B pre (4563) 10380 2141.9 0 gi|178730|gb|AAB00481.1| apolipoprotein B-100 prec (4563) 10376 2141.1 0 gi|225311|prf||1211338A lipoprotein B100 (4536) 10342 2134.1 0 gi|178804|gb|AAA35549.1| apolipoprotein B-100 prec (4563) 10342 2134.1 0 gi|114014|sp|P04114|APOB_HUMAN Apolipoprotein B-10 (4563) 10334 2132.5 0 gi|178818|gb|AAA51758.1| apolipoprotein B-100 (3262) 10332 2132.0 0 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