# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Ofj04996.fasta.nr -Q fj04996.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 fj04996, 895 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2355815254 residues in 6825066 sequences statistics sampled from 60000 to 6820958 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6629+/-0.000183; mu= 11.4272+/- 0.010 mean_var=76.2174+/-14.949, 0's: 41 Z-trim: 70 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.146909 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6825066) gi|62087496|dbj|BAD92195.1| protocadherin gamma su ( 895) 5831 1245.7 0 gi|37999836|sp|Q9Y5G6.1|PCDG7_HUMAN Protocadherin ( 932) 5813 1241.9 0 gi|62510866|sp|Q5DRB3.1|PCDG7_PANTR Protocadherin ( 932) 5785 1236.0 0 gi|50512410|gb|AAT77600.1| protocadherin gamma a7 ( 934) 5038 1077.7 0 gi|148678182|gb|EDL10129.1| mCG133388, isoform CRA ( 935) 5026 1075.1 0 gi|50417635|gb|AAH77712.1| Protocadherin gamma sub ( 935) 5025 1074.9 0 gi|13876340|gb|AAK26090.1| protocadherin gamma A7 ( 935) 5019 1073.6 0 gi|5457076|gb|AAD43774.1|AF152514_1 protocadherin ( 817) 4979 1065.1 0 gi|114602361|ref|XP_001148467.1| PREDICTED: simila ( 817) 4951 1059.2 0 gi|127138659|ref|NP_001076033.1| protocadherin gam ( 932) 4604 985.7 0 gi|62510867|sp|Q5DRB4.1|PCDG6_PANTR Protocadherin ( 932) 4590 982.7 0 gi|37999837|sp|Q9Y5G7.1|PCDG6_HUMAN Protocadherin ( 932) 4587 982.1 0 gi|62087936|dbj|BAD92415.1| protocadherin gamma su ( 950) 4581 980.8 0 gi|149017329|gb|EDL76380.1| rCG49295, isoform CRA_ ( 872) 4579 980.4 0 gi|37999843|sp|Q9Y5H3.1|PCDGA_HUMAN Protocadherin ( 936) 4554 975.1 0 gi|62087434|dbj|BAD92164.1| protocadherin gamma su ( 961) 4549 974.0 0 gi|119582340|gb|EAW61936.1| hCG1982215, isoform CR ( 932) 4548 973.8 0 gi|62510874|sp|Q5DRC1.1|PCDGA_PANTR Protocadherin ( 936) 4547 973.6 0 gi|62510870|sp|Q5DRB7.1|PCDG3_PANTR Protocadherin ( 932) 4544 972.9 0 gi|62510865|sp|Q5DRB2.1|PCDG8_PANTR Protocadherin ( 932) 4542 972.5 0 gi|37999840|sp|Q9Y5H0.1|PCDG3_HUMAN Protocadherin ( 932) 4541 972.3 0 gi|37999835|sp|Q9Y5G5.1|PCDG8_HUMAN Protocadherin ( 932) 4535 971.0 0 gi|13876324|gb|AAK26082.1| protocadherin gamma A10 ( 930) 4504 964.5 0 gi|148743906|gb|AAI42515.1| PCDHGA8 protein [Bos t ( 932) 4501 963.8 0 gi|148678185|gb|EDL10132.1| mCG133388, isoform CRA ( 930) 4500 963.6 0 gi|37999839|sp|Q9Y5G9.1|PCDG4_HUMAN Protocadherin ( 931) 4494 962.4 0 gi|62510871|sp|Q5DRB8.1|PCDG2_PANTR Protocadherin ( 932) 4490 961.5 0 gi|37999838|sp|Q9Y5G8.1|PCDG5_HUMAN Protocadherin ( 931) 4475 958.3 0 gi|62510868|sp|Q5DRB5.1|PCDG5_PANTR Protocadherin ( 931) 4469 957.1 0 gi|62510869|sp|Q5DRB6.1|PCDG4_PANTR Protocadherin ( 931) 4468 956.8 0 gi|127139358|ref|NP_001076029.1| protocadherin gam ( 962) 4468 956.8 0 gi|62510875|sp|Q5DRC2.1|PCDG1_PANTR Protocadherin ( 931) 4460 955.1 0 gi|37999841|sp|Q9Y5H1.1|PCDG2_HUMAN Protocadherin ( 932) 4454 953.9 0 gi|50512392|gb|AAT77591.1| protocadherin gamma a10 ( 929) 4453 953.7 0 gi|37999478|sp|O60330.1|PCDGC_HUMAN Protocadherin ( 932) 4428 948.4 0 gi|119582334|gb|EAW61930.1| hCG1982215, isoform CR ( 931) 4425 947.7 0 gi|37999844|sp|Q9Y5H4.1|PCDG1_HUMAN Protocadherin ( 931) 4424 947.5 0 gi|114602391|ref|XP_001149871.1| PREDICTED: simila ( 934) 4422 947.1 0 gi|50512398|gb|AAT77594.1| protocadherin gamma a2 ( 931) 4418 946.2 0 gi|13876330|gb|AAK26085.1| protocadherin gamma A2 ( 931) 4414 945.4 0 gi|62510872|sp|Q5DRB9.1|PCDGC_PANTR Protocadherin ( 932) 4412 945.0 0 gi|13876332|gb|AAK26086.1| protocadherin gamma A3 ( 928) 4409 944.3 0 gi|149017319|gb|EDL76370.1| rCG49295, isoform CRA_ ( 930) 4407 943.9 0 gi|32451623|gb|AAH54555.1| Protocadherin gamma sub ( 932) 4406 943.7 0 gi|13876342|gb|AAK26091.1| protocadherin gamma A8 ( 932) 4405 943.5 0 gi|62510873|sp|Q5DRC0.1|PCDGB_PANTR Protocadherin ( 935) 4398 942.0 0 gi|29436767|gb|AAH49814.1| Protocadherin gamma sub ( 930) 4393 940.9 0 gi|37999842|sp|Q9Y5H2.1|PCDGB_HUMAN Protocadherin ( 935) 4393 940.9 0 gi|50512402|gb|AAT77596.1| protocadherin gamma a3 ( 929) 4392 940.7 0 gi|50512412|gb|AAT77601.1| protocadherin gamma a8 ( 932) 4390 940.3 0 >>gi|62087496|dbj|BAD92195.1| protocadherin gamma subfam (895 aa) initn: 5831 init1: 5831 opt: 5831 Z-score: 6671.9 bits: 1245.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 5831; 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