# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Oha00065s1.fasta.nr -Q ha00065s1.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ha00065s1, 1307 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 3071326396 residues in 8985982 sequences statistics sampled from 60000 to 8958917 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7187+/-0.00021; mu= 7.5412+/- 0.012 mean_var=172.5929+/-33.746, 0's: 28 Z-trim: 174 B-trim: 329 in 1/64 Lambda= 0.097625 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(8985982) gi|409466|gb|AAB65853.1| CG1 protein gi|119601 (1300) 8055 1148.2 0 gi|154426114|gb|AAI51336.1| KTN1 protein [Bos taur (1302) 7162 1022.4 0 gi|109658796|gb|AAI17133.1| Kinectin 1 (kinesin re (1306) 6844 977.6 0 gi|194380864|dbj|BAG64000.1| unnamed protein produ (1329) 6481 926.5 0 gi|34098465|sp|Q86UP2.1|KTN1_HUMAN RecName: Full=K (1357) 6481 926.5 0 gi|296164|emb|CAA80271.1| 156 kDa Protein [Homo sa (1356) 6451 922.3 0 gi|73963936|ref|XP_537455.2| PREDICTED: similar to (1495) 6145 879.2 0 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(1302 aa) initn: 7156 init1: 5947 opt: 7162 Z-score: 5459.2 bits: 1022.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 7210; 88.638% identity (93.980% similar) in 1329 aa overlap (8-1307:1-1302) 10 20 30 40 50 60 ha0006 DHIDKSTMEFYESAYFIVLIPSIVITVIFLFFWLFMKETLYDEVLAKQKREQKLIPTKTD ::::::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|154 MEFYESTYFIVLIPSVVITVIFLFFWLFMKETLYDEVLAKQKREQKLIPTKTD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 ha0006 KKKAEKKKNKKKEIQNGNLHESDSESVPRDFKLSDALAVEDDQVAPVPLNVVETSSSVRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::. .:::: gi|154 KKKAEKKKNKKKEIQNGNLHESDSESVPRDFKLSDALAVEDEQVVPVPLNVVESPTSVRE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 ha0006 RKKKEKKQKPVLEEQVIKESDASKIPGKKVEPVPVTKQPTPPSEAAASKKKPGQKKSKNG :::::::.:::::::: ::::.:::: :::::::::::::::::: :::::::::::::: gi|154 RKKKEKKHKPVLEEQVTKESDVSKIPCKKVEPVPVTKQPTPPSEAPASKKKPGQKKSKNG 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 ha0006 SDDQDKKVETLMVPSKRQEALPLHQETKQESGSGKKKASSKKQKTENVFVDEPLIHATTY :::::::::.: 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