# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Ohm00182.fasta.nr -Q hm00182.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 hm00182, 537 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2362217958 residues in 6843189 sequences statistics sampled from 60000 to 6840426 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0544+/-0.000184; mu= 12.3138+/- 0.010 mean_var=71.5660+/-14.077, 0's: 41 Z-trim: 73 B-trim: 3051 in 1/65 Lambda= 0.151608 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6843189) gi|62088902|dbj|BAD92898.1| Rho guanine nucleotide ( 537) 3607 798.3 0 gi|190885497|ref|NP_001122088.1| Rho guanine nucle ( 532) 3570 790.2 0 gi|109038035|ref|XP_001101218.1| PREDICTED: Rho gu ( 501) 3308 732.8 4.5e-209 gi|119585730|gb|EAW65326.1| Rho guanine nucleotide ( 526) 3292 729.4 5.3e-208 gi|46250257|gb|AAH68513.1| ARHGEF3 protein [Homo s ( 576) 3292 729.4 5.7e-208 gi|52782760|sp|Q9NR81|ARHG3_HUMAN Rho guanine nucl ( 526) 3288 728.5 9.8e-208 gi|75070527|sp|Q5R6F2.1|ARHG3_PONAB Rho guanine nu ( 526) 3285 727.8 1.5e-207 gi|114587467|ref|XP_516548.2| PREDICTED: Rho guani ( 526) 3282 727.2 2.4e-207 gi|114587469|ref|XP_001173620.1| PREDICTED: Rho gu ( 527) 3282 727.2 2.4e-207 gi|114587465|ref|XP_001173599.1| PREDICTED: Rho gu ( 544) 3282 727.2 2.5e-207 gi|33150870|gb|AAP97313.1|AF433662_1 RhoGEF protei ( 558) 3282 727.2 2.5e-207 gi|114587463|ref|XP_001173627.1| PREDICTED: Rho gu ( 558) 3282 727.2 2.5e-207 gi|52782754|sp|Q9N0A8|ARHG3_MACFA Rho guanine nucl ( 526) 3281 727.0 2.8e-207 gi|109038032|ref|XP_001101312.1| PREDICTED: Rho gu ( 526) 3270 724.5 1.5e-206 gi|109038029|ref|XP_001101044.1| PREDICTED: Rho gu ( 526) 3264 723.2 3.7e-206 gi|109038014|ref|XP_001100765.1| PREDICTED: Rho gu ( 527) 3264 723.2 3.7e-206 gi|109038011|ref|XP_001101133.1| PREDICTED: Rho gu ( 544) 3264 723.2 3.8e-206 gi|109038008|ref|XP_001100949.1| PREDICTED: Rho gu ( 558) 3264 723.3 3.9e-206 gi|114587471|ref|XP_001173569.1| PREDICTED: Rho gu ( 557) 3222 714.1 2.3e-203 gi|149728578|ref|XP_001490450.1| PREDICTED: simila ( 526) 3217 713.0 4.6e-203 gi|73985381|ref|XP_533783.2| PREDICTED: similar to ( 902) 3216 712.9 8.1e-203 gi|194677308|ref|XP_001250880.2| PREDICTED: simila ( 526) 3200 709.2 6.1e-202 gi|52782747|sp|Q91X46|ARHG3_MOUSE Rho guanine nucl ( 524) 3109 689.3 6e-196 gi|148692780|gb|EDL24727.1| Rho guanine nucleotide ( 564) 3109 689.4 6.3e-196 gi|13529620|gb|AAH05517.1| Arhgef3 protein [Mus mu ( 524) 3108 689.1 6.9e-196 gi|26325796|dbj|BAC26652.1| unnamed protein produc ( 526) 3100 687.4 2.3e-195 gi|12835881|dbj|BAB23401.1| unnamed protein produc ( 531) 3100 687.4 2.4e-195 gi|149015711|gb|EDL75059.1| Rho guanine nucleotide ( 524) 3087 684.5 1.7e-194 gi|82233925|sp|Q5ZLX4.1|ARHG3_CHICK Rho guanine nu ( 524) 2926 649.3 6.7e-184 gi|10436702|dbj|BAB14891.1| unnamed protein produc ( 412) 2736 607.7 1.8e-171 gi|80478540|gb|AAI08598.1| MGC131108 protein [Xeno ( 523) 2658 590.7 2.9e-166 gi|119585729|gb|EAW65325.1| Rho guanine nucleotide ( 434) 2504 556.9 3.5e-156 gi|94732950|emb|CAK04819.1| novel protein similar ( 506) 2394 532.9 6.9e-149 gi|188036172|pdb|2Z0Q|A Chain A, Crystal Structure ( 346) 2227 496.3 5.1e-138 gi|71043417|gb|AAH99715.1| ARHGEF3 protein [Homo s ( 324) 2163 482.3 8e-134 gi|53133488|emb|CAG32073.1| hypothetical protein [ ( 540) 1929 431.2 3e-118 gi|73949180|ref|XP_544275.2| PREDICTED: similar to ( 754) 1928 431.1 4.5e-118 gi|13938074|gb|AAH07153.1| Arhgef3 protein [Mus mu ( 310) 1910 426.9 3.5e-117 gi|73587305|gb|AAI02859.1| Neuroepithelial cell tr ( 536) 1910 427.1 5.3e-117 gi|194227204|ref|XP_001500157.2| PREDICTED: simila ( 542) 1909 426.9 6.3e-117 gi|47215590|emb|CAG10761.1| unnamed protein produc ( 433) 1897 424.2 3.3e-116 gi|4138207|emb|CAA08973.1| guanine nucleotide-exch ( 541) 1892 423.2 8.2e-116 gi|52782763|sp|Q9Z206.2|ARHG8_MOUSE Neuroepithelia ( 595) 1888 422.3 1.6e-115 gi|26349555|dbj|BAC38417.1| unnamed protein produc ( 541) 1881 420.7 4.4e-115 gi|56207663|emb|CAI20651.1| novel protein similar ( 580) 1880 420.6 5.4e-115 gi|94732355|emb|CAK04879.1| novel protein similar ( 580) 1880 420.6 5.4e-115 gi|149436984|ref|XP_001511179.1| PREDICTED: simila ( 542) 1879 420.3 5.9e-115 gi|55715801|gb|AAH85638.1| Neuroepithelial cell tr ( 551) 1879 420.3 6e-115 gi|56207664|emb|CAI20652.1| novel protein similar ( 551) 1879 420.3 6e-115 gi|3834631|gb|AAC71772.1| NET1 homolog [Mus muscul ( 595) 1877 419.9 8.6e-115 >>gi|62088902|dbj|BAD92898.1| Rho guanine nucleotide exc (537 aa) initn: 3607 init1: 3607 opt: 3607 Z-score: 4261.6 bits: 798.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 3607; 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99.812% identity (100.000% similar) in 532 aa overlap (6-537:1-532) 10 20 30 40 50 60 hm0018 RLPLEMIEVCHHNWLLWLCPSKFGIFMCCLASTTGQMELRRTREPSNKRVKPLSRVTSLA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 MIEVCHHNWLLWLCPSKFGIFMCCLASTTGQMELRRTREPSNKRVKPLSRVTSLA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 hm0018 NLIPPVKATPLKRFSQTLQRSISFRSESRPDILAPRPWSRNAAPSSTKRRDSKLWSETFD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 NLIPPVKATPLKRFSQTLQRSISFRSESRPDILAPRPWSRNAAPSSTKRRDSKLWSETFD 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 hm0018 VCVNQMLTSKEIKRQEAIFELSQGEEDLIEDLKLAKKAYHDPMLKLSIMTEQELNQIFGT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 VCVNQMLTSKEIKRQEAIFELSQGEEDLIEDLKLAKKAYHDPMLKLSIMTEQELNQIFGT 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 hm0018 LDSLIPLHEELLSQLRDVRKPDGSTEHVGPILVGWLPCLSSYDSYCSNQVAAKALLDHKK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 LDSLIPLHEELLSQLRDVRKPDGSTEHVGPILVGWLPCLSSYDSYCSNQVAAKALLDHKK 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 hm0018 QDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRSRLVKYPLLLREILRHTPNDNPDQQHLEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 QDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRSRLVKYPLLLREILRHTPNDNPDQQHLEE 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 hm0018 AINIIQGIVAEINTKTGESECRYYKERLLYLEEGQKDSLIDSSRVVCCHGELKNNRGVKL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::: gi|190 AINIIQGIVAEINTKTGESECRYYKERLLYLEEGQKDSLIDSSRVLCCHGELKNNRGVKL 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 hm0018 HVFLFQEVLVITRAVTHNEQLCYQLYRQPIPVKDLLLEDLQDGEVRLGGSLRGAFSNNER :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 HVFLFQEVLVITRAVTHNEQLCYQLYRQPIPVKDLLLEDLQDGEVRLGGSLRGAFSNNER 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 hm0018 IKNFFRVSFKNGSQSQTHSLQANDTFNKQQWLNCIRQAKETVLCAAGQAGVLDSEGSFLN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 IKNFFRVSFKNGSQSQTHSLQANDTFNKQQWLNCIRQAKETVLCAAGQAGVLDSEGSFLN 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 hm0018 PTTGSRELQGETKLEQMDQSDSESDCSMDTSEVSLDCERMEQTDSSCGNSRHGESNV ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|190 PTTGSRELQGETKLEQMDQSDSESDCSMDTSEVSLDCERMEQTDSSCGNSRHGESNV 480 490 500 510 520 530 >>gi|109038035|ref|XP_001101218.1| PREDICTED: Rho guanin (501 aa) initn: 3308 init1: 3308 opt: 3308 Z-score: 3908.6 bits: 732.8 E(): 4.5e-209 Smith-Waterman score: 3308; 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