# /hgtech/tools/solaris8/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -Opf00494.fasta.nr -Q pf00494.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 pf00494, 2434 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2362217958 residues in 6843189 sequences statistics sampled from 60000 to 6834297 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0702+/-0.000191; mu= 12.6855+/- 0.011 mean_var=93.7995+/-18.113, 0's: 34 Z-trim: 83 B-trim: 112 in 2/66 Lambda= 0.132426 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 44, opt: 32, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(6843189) gi|62087388|dbj|BAD92141.1| protein tyrosine phosp (2434) 15994 3067.5 0 gi|119626371|gb|EAX05966.1| protein tyrosine phosp (2466) 15968 3062.6 0 gi|452192|dbj|BAA04751.1| protein tyrosine phospha (2466) 15963 3061.6 0 gi|515031|emb|CAA56563.1| protein-tyrosine-phospha (2466) 15931 3055.5 0 gi|74001825|ref|XP_535644.2| PREDICTED: similar to (2471) 14357 2754.8 0 gi|148688299|gb|EDL20246.1| protein tyrosine phosp (2451) 9485 1824.0 0 gi|45477181|sp|Q64512.2|PTN13_MOUSE Tyrosine-prote (2453) 9461 1819.4 0 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499) 3258 633.9 1.3e-178 gi|27370590|gb|AAH23913.1| Ptpn13 protein [Mus mus ( 639) 2762 539.2 5.3e-150 gi|74148135|dbj|BAE36236.1| unnamed protein produc ( 778) 2408 471.6 1.4e-129 gi|517125|dbj|BAA05885.1| protein tyrosine phospha (1347) 2403 470.8 4.3e-129 gi|141796230|gb|AAI39567.1| Zgc:162319 protein [Da (1302) 2401 470.4 5.4e-129 gi|47219895|emb|CAF97165.1| unnamed protein produc (2517) 2352 461.2 6e-126 gi|58177162|pdb|1WCH|A Chain A, Crystal Structure ( 315) 2116 415.5 4.2e-113 gi|74218762|dbj|BAE37800.1| unnamed protein produc ( 282) 1742 344.1 1.3e-91 gi|141795788|gb|AAI35085.1| LOC569591 protein [Dan ( 299) 1506 299.0 4.9e-78 gi|118092786|ref|XP_421649.2| PREDICTED: hypotheti (1389) 1317 263.3 1.3e-66 gi|190581472|gb|EDV21548.1| hypothetical protein T (2269) 1240 248.7 5e-62 gi|47228857|emb|CAG09372.1| unnamed protein produc (1865) 1196 240.3 1.4e-59 gi|189526428|ref|XP_700566.3| PREDICTED: similar t (1007) 1136 228.6 2.5e-56 gi|149046747|gb|EDL99521.1| rCG37921, isoform CRA_ ( 189) 1125 226.1 2.8e-56 gi|115688064|ref|XP_001198924.1| PREDICTED: simila (1478) 1101 222.1 3.5e-54 gi|194206173|ref|XP_001500607.2| PREDICTED: FERM a (1331) 1059 214.0 8.3e-52 >>gi|62087388|dbj|BAD92141.1| protein tyrosine phosphata (2434 aa) initn: 15994 init1: 15994 opt: 15994 Z-score: 16502.2 bits: 3067.5 E(): 0 Smith-Waterman score: 15994; 100.000% identity (100.000% similar) in 2434 aa overlap (1-2434:1-2434) 10 20 30 40 50 60 pf0049 QELFRKVSLADPAALGFIISPWSLLLLPSGSVSFTDENISNQDLRAFTAPEVLQNQSLTS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|620 QELFRKVSLADPAALGFIISPWSLLLLPSGSVSFTDENISNQDLRAFTAPEVLQNQSLTS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pf0049 LSDVEKIHIYSLGMTLYWGADYEVPQSQPIKLGDHLNSILLGMCEDVIYARVSVRTVLDA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|620 LSDVEKIHIYSLGMTLYWGADYEVPQSQPIKLGDHLNSILLGMCEDVIYARVSVRTVLDA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pf0049 CSAHIRNSNCAPSFSYVKHLVKLVLGNLSGTDQLSCNSEQKPDRSQAIRDRLRGKGLPTG 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:.: .::::::::: gi|123 LRNTGQVVHLLLEKGQVPTSREQDPAGPQSPPPDQDAQRQAPEKVAKQTPHVKDYSFVTE 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pf0049 ENTFEVKLFKNSSGLGFSFSREDNLIPEQINASIVRVKKLFPGQPAAESGKIDVGDVILK .::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::: gi|123 DNTFEVKLFKNSSGLGFSFSREDNLIPEQINGSIVRVKKLFPGQPAAESGKIDVGDVILK 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pf0049 VNGASLKGLSQQEVISALRGTAPEVFLLLCRPPPGVLPEIDTALLTPLQSPAQVLPNSSK :::: :::::::.:::::::::::: :::::: :::::::::..:.:: :::. . :::: gi|123 VNGAPLKGLSQQDVISALRGTAPEVSLLLCRPAPGVLPEIDTTFLNPLYSPANSFLNSSK 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1570 1580 1590 1600 1610 1620 pf0049 DSSQPSC-VKQSTSSDENEMSDKSKKQCKSPSRRDSYSDSSGSGEDDLVTAPANISNSTW ..:::: :.:..:: .: .: :.:..:..::::.:::: : ::::: : :::.. : : gi|123 ETSQPSSSVEQGASSHDNGVSGKTKNHCRAPSRRESYSDHSESGEDDSVRAPAKMPNVTR 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1630 1640 1650 1660 1670 1680 pf0049 SSALHQTLSNMVSQAQSHHEAPKSQEDTICTMFYYPQKIPNKPEFEDSNPSPLPPDMAPG .:. ::::.:::..::.::: :.:::.: : :.:.: :: :..:: gi|123 VAAFP-------------HEAPRSQEESICAMFYLPRKIPGKLESESSHPPPL--DVSPG 1670 1680 1690 1700 1710 1690 1700 1710 1720 1730 1740 pf0049 QSYQPQSESASSSSMDKYHIHHISEPTRQENWTPLKNDLENHLEDFELEVELLITLIKSE :. :: .: : :.. :. : :. ...:: : ::::: ::::: ::::::::::.::: gi|123 QTCQPPAECAPSDATGKHFTHLASQLSKEENITTLKNDLGNHLEDSELEVELLITLVKSE 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1750 1760 1770 1780 1790 1800 pf0049 KGSLGFTVTKGNQRIGCYVHDVIQDPAKSDGRLKPGDRLIKVNDTDVTNMTHTDAVNLLR :::::::::::.: ::::::::::::::.::::: ::::::::::::::::::::::::: gi|123 KGSLGFTVTKGSQSIGCYVHDVIQDPAKGDGRLKAGDRLIKVNDTDVTNMTHTDAVNLLR 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1810 1820 1830 1840 1850 1860 pf0049 AASKTVRLVIGRVLELPRIPMLPHLLPDITLTCNKEELGFSLCGGHDSLYQVVYISDINP :: ::::::.::.:::::.:..::::::::.::. ::::::: ::. : . ::::::::: gi|123 AAPKTVRLVLGRILELPRMPVFPHLLPDITVTCHGEELGFSLSGGQGSPHGVVYISDINP 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1870 1880 1890 1900 1910 1920 pf0049 RSVAAIEGNLQLLDVIHYVNGVSTQGMTLEEVNRALDMSLPSLVLKATRNDLPVVPSSKR 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